Учебник состоит из двух частей - общая и специальная микробиология. Описаны классификация, морфология, физиология и генетика микробов; противомикробные препараты. Приведено учение об инфекции и иммунитете. Рассказано об иммунопрофилактике и иммунотерапии. Описаны возбудители инфекций человека.

В 4-е издание учебника «Медицинская микробиология, иммунология и вирусология» внесены существенные дополнения и уточнения на основании опубликованных за последние годы новых научных данных. В частности, в соответствии с новым Определителем бактерий Берги (George М. Garrity, Julia A. Bell, Timothy G. Lilburn. Taxonomic Outline of the Prokaryotes. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Second Edition. Release 5.0, May 2004) уточнена классификация бактерий: их принадлежность к доменам, типам и классам, а для многих бактерий, которые чаще всего вызывают заболевания у людей и о которых идет речь в учебнике, к семействам, родам и видам.